临床蛋白质组学项目问题十问十答
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时间：2025-04-11
近年来，谱度众合临床蛋白质组学项目愈发受到老师们的关注，在开展相关项目的合作过程中，我们收集了老师们提出的各类问题，并选取出现频率最高的10个典型问题作以下解答...
近年来，谱度众合临床蛋白质组学项目愈发受到老师们的关注，在开展相关项目的合作过程中，我们收集了老师们提出的各类问题，并选取出现频率最高的10个典型问题作以下解答...
问：怎样获得项目前期结果？
答：项目前期结果是标书撰写或正式实验的必要前提，其结果的获得主要通过以下两个方面：
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预实验（实验室），通过少量样本的检测分析得到蛋白质组学数据，并可以结合公开数据库做人群验证（青年基金需要3组图、面上需要5组图，蛋白质组学数据和人群验证可以作为2组图使用）。
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公开数据库挖掘（生信分析），基于现有数据库的挖掘分析，找到潜在的切入点。
问：临床医生需要提供什么？公司能够提供什么
答：1、客户需要提供的是：临床问题、临床样本。2、公司能够提供的是：协助制定临床研究设计方案（包含技术路线图）、协助制定研究人群纳入排除标准、协助制定CRF表、协助样本匹配（倾向性评分）、指导构建结构化数据库、协助制定知情同意书、协助制定伦理审查表、质谱检测数据、生信分析、临床建模分析（报告图表可直接用于论文发表）。
问：需要哪种类型的样本？样本数量要多少？为什么需要这么多的样本？
答：
1、样本类型：体液、组织或FFPE等临床样本；体液样本包括：血浆/血清、尿液、唾液、脑脊液等。
2、样本数量：按照研究需要，每组至少15例，至少2组（由于客观因素的限制导致收取不到每组15例样本，每组至少需要10例样本）。
3、由于人群个体差异大，数据的代表性需要一定的样本量来体现（样本量为王），建议的每组至少15例样本原因如下：
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统计学方法手段会更多（样本量少容易产生误导性结果）。
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根据公司以往项目的建模经验，15例及以上样本量建模效果会更好，论文接受度更高。
问：样本的保存条件？在此条件下能够保存多长时间？
答：1、收集到的样本需要保存在-80 ℃或-20 ℃。2、在不存在反复冻融的情况下，临床样本在-80 ℃条件下可以保存2-3年甚至更长的时间，-20 ℃可保存2-3个月左右。
问：进行临床研究方案设计，需要提供哪些信息？
答：1、所在科室现存的主要临床问题，例如：病因，诊断，治疗，预后方面的问题。2、所在科室的特点，推荐科室常见病、特色性疾病等。3、能收集到的样本类型，例如血液、尿液、唾液、组织等。4、项目投入的预算以及期望。
问：该怎样进行样本匹配？
答：通过倾向性评分进行样本匹配：将多个人群特征综合考虑，进行倾向性评分，依据评分值进行一定比例匹配，通常不超过1:4（少数组：多数组）。
问：需要多长时间出报告？
答：出报告时间需根据样本量的多少决定，一般情况下，30个工作日内可以出报告。
问：报告内容有哪些？报告中最重要的结论是什么？
答：
报告内容：
1）数据概览分析
2）定量情况分析
3）差异蛋白分析
4）PCA分析
5）注释富集分析
6）差异蛋白的富集分析
7）LASSO回归分析
8）临床变量分析
9）临床建模分析
10）WPCNA分析（选做）
最重要的结论：
1）差异蛋白分析
2）临床变量分析
3）临床建模分析
详细解释见文章底部。
问：做项目能发哪几种类型的期刊？
答：
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临床期刊 不同科室或不同研究领域对应的期刊类型不同，例如，心内科专业期刊有：Nature Reviews Cardiology、Circulation、European Heart Journal等；神经内科专业期刊有：Lancet Neurology、Nature Reviews Neurology、Nature Neuroscience等；泌尿科专业期刊有：Nature Reviews Endocrinology、Lancet Diabetes & Endocrinology、Cell Metabolism等。
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临床蛋白质组学专刊 Cancer Genomics & Proteomics, Clinical Proteomics, Proteomics Clinical Applications等
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蛋白质组学期刊 Molecular Systems Biology, Molecular & Cellular Proteomics, Journal of Proteome Research, Proteomics, Journal of Proteomics, Proteome Science等
问：是否可以进行标书的修订？收费标准是？
答：
可以修订，收费标准如下：
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公共数据库挖掘，如：TCGA、GEO等，按照工作量的多少，收取1.8-2.4万/项目；
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中药网络药理学数据挖掘，按照工作量的多少，收取1.8-2.4万/项目；
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国自然标书修订，按照工作量的多少，收取费用2-5万/项目，且2-3年内中标的项目参照直接经费的20%支付咨询费。
报告内容说明：
1）数据概览分析：蛋白概览图、每个样本鉴定到的蛋白以及肽段数目、肽段长度以及数目分布情况、漏切位点情况，综合反映质谱实验情况。
2）定量情况分析：各个样本的定量热图、PCA分析、层级聚类分析、各样本相关性分析，初步探索数据情况。
3）差异蛋白分析：不同比值边界下差异蛋白情况、火山图表示差异蛋白分布、差异蛋白定量热图、差异蛋白
4）PCA分析：筛选与结局相关的差异蛋白。
5）注释富集分析：鉴定到的蛋白的功能注释，包括GO（基因本体论）分析、KEGG（代谢通路）分析、DO（疾病本体论）分析、PPI（蛋白互作）分析。
6）差异蛋白的富集分析：对筛选出的与结局相关的蛋白进行功能分析，从代谢通路、基因本体以及疾病本体等方面对差异蛋白的功能进行解释。
7）LASSO回归分析：LASSO分析主要结果，筛选出的蛋白的散点图、箱线图，进一步筛选与结局相关的蛋白。
8）临床变量分析：一般人群描述表、临床变量单因素分析表；对临床信息进行统计描述，通过单因素分析，筛选与结局相关的重要临床指标。
9）临床建模分析：诊断模型或预测模型构建、模型评价、模型可视化；通过机器学习等手段构建临床模型，能用于临床决策，例如，诊断模型能为疑似病例的确诊提供诊断依据。
10）WPCNA分析（选做）：加权蛋白共表达网络分析结果、差异蛋白结果，通过WPCNA算法，筛选与结局相关的差异蛋白。
