（六）关键互作蛋白的选择

通过IP-MS可以鉴定到诱饵蛋白的许多（潜在的）相互作用蛋白。如果要进行后续研究，通常需要从鉴定到的互作蛋白中选择数个关键蛋白进行互作验证及功能机理方面的深入探索。

（五）蛋白互作网络的构建和可视化

本次内容将实现基于STRING蛋白相互作用数据库和Cytoscape软件的互作网络构建和可视化。前者是目前最大、最全面的蛋白相互作用数据库，后者是目前最常用、功能最全面的网络图绘制工具。

（四）IP-MS数据分析

这一期我们将进一步介绍IP-MS实验完成后会获得怎样的实验数据，以及如何从这些数据中筛选出高可信度的相互作用蛋白。

（三）IP-MS方案设计

这一期我们将分享IP-MS实验中IP部分的具体方案设计。

（二）理想的IP-MS结果始于实验材料的选择

IP是一种经典的实验技术，通常会与SDS-PAGE和WB结合使用来检测蛋白。因此许多研究者在设计IP－MS实验进行互作蛋白筛选时，往往会参考以往IP-WB的实验经验以及传统蛋白质组学研究中的胶内酶解样品制备方法，而未能随质谱仪器性能的提升和数据分析方法的发展对实验方法和策略进行调整和优化，导致最终蛋白相互作用的检测结果并不理想。