（三）IP-MS方案设计

这一期我们将分享IP-MS实验中IP部分的具体方案设计。

（二）理想的IP-MS结果始于实验材料的选择

IP是一种经典的实验技术，通常会与SDS-PAGE和WB结合使用来检测蛋白。因此许多研究者在设计IP－MS实验进行互作蛋白筛选时，往往会参考以往IP-WB的实验经验以及传统蛋白质组学研究中的胶内酶解样品制备方法，而未能随质谱仪器性能的提升和数据分析方法的发展对实验方法和策略进行调整和优化，导致最终蛋白相互作用的检测结果并不理想。

（一）基于质谱的蛋白质相互作用研究方法盘点

蛋白质之间的相互作用在几乎所有的生物学过程中都发挥着重要作用，研究蛋白质相互作用是理解许多生物学过程的基础。蛋白互作组学也是目前蛋白质组学研究的重要内容。

QuantPipe：基于 OpenSWATH-PyProphet-TRIC 的用户友好型流程软件工具

本文展示了QuantPipe对多种仪器来源的多种DIA数据的分析效果，结果表明，QuantPipe 是一种功能强大，简单易用的自动化DIA数据分析工具。

SCASP：一种简单快速稳定的蛋白质组样本制备方法

综上，SCASP是一种简单、快速、稳定的基于SDS的蛋白质组学样本制备方法。相比其他的SDS去除的蛋白质组学样本制备方法，SCASP方法实验步骤更简洁，通常能够获得更多的蛋白和肽段鉴定数量，样本重复性也更好。